肝炎のワクチンを打ったばかりなのですが、正常にB型肝炎やC型肝炎の検査を行うことはできますか?

はい。B型肝炎やC型肝炎のワクチンを打ったばかりでも、正確にB型肝炎・C型肝炎の検査を行うことが出来ます。